Phêrô Maria Khuất Văn Tạo sinh ngày 1 tháng 1 năm 1900[3] tại Hà Thạch, Bất Bạt (nay thuộc xã Hà Thạch, thị xã Phú Thọ), Phú Thọ thuộc giáo phận Hưng Hóa.[4] Tài liệu sách Chứng Từ của một Mục Tử ghi nhận ông quê quán tại xã Xuân Vân, huyện Phúc Thọ, tỉnh Sơn Tây (nay thuộc xã Xuân Đình, huyện Phúc Thọ, thành phố Hà Nội). Ông có tên khai sinh là Phêrô Khuất Văn Ẩn, con trai đầu lòng của ông Giuse Khuất Văn Định và bà Anna Nguyễn Thị Lợi.[5]

Năm 11 tuổi, cậu bé Khuất Văn Ẩn quyết định đi theo con đường tu trì và được linh mục Giuse Nguyễn Công Triệu thuộc giáo phận Hưng Hóa nhận làm nghĩa tử. Từ đây, cậu mang tên mới là Khuất Văn Tạo. Sáu năm sau đó, cậu được cho nhập học tại tiểu chủng viện Hà Thạch tại phủ Lâm Thao, tỉnh Phú Thọ. Sau mười năm tu học, Khuất Văn Tạo được triệu về học triết lý tại Hưng Hóa.[5]